Su repertorio se encuentra nutrido de composiciones originales arregladas para la formación, en su mayoría realizadas por Jos María Saluzzi, además de obras de Dino Saluzzi.
Huayno centra su música en la búsqueda de un nuevo lenguaje que nace de las raíces sudamericanas, y se complementa con la música de cámara y el jazz. Los conciertos requieren del silencio y la complicidad de los oyentes, para desarrollar así sonidos sutiles con variados timbres que hacen uso del espacio, gobernado por la improvisación y la interacción de sus integrantes.